


La Jungle est une région tout à fait différente des autres deux. C'est plus énorme, mais moins peuplée et aussi moins propice à l’exploitation par les Péruviens. Les Incas ne furent jamais capables de pénétrer profondément ou pendant des périodes prolongées dans ce secteur, le considérant comme un piège mortel, peut-être à cause des épidémies et des fièvres tropicales. Ils étaient aussi les victimes d'assauts et des ‘’ raids ‘’ par quelques tribus, particulièrement le Chunchos, qui, dans la région de Madre de Dios, avance vers le secteur de Quillabamba et ont essayé de mesurer l’altitude des Andes. Certains expliquent que cette crainte présumée par les Incas, fut la raison de construire la forteresse de Machu Picchu sur les premiers versants de la Haute Jungle.
Cependant, selon des études récentes, l’armée impériale est entrée dans quelques secteurs de l'Amazone, particulièrement Madre de Dios et la haute Jungle.
D'autre part, Gran Pajatén et Tantamayo étaient des enclaves de grandes cultures, révélant l’ancien établissement des secteurs faisant face à la Jungle vierge ou la grande plaine d'Amazone qui ne pouvait jamais être vaincue.
La Jungle a été un défi et une incitation depuis que la culture Occidentale a été implanté sur le continent américain au seizième siècle par le ViceRoy Andrés Hurtado de Mendoza et a reconnu la rumeur de l'existence de l’El Dorado, un pays ou un royaume d'or conquérants espagnols inassouvis et agités. La célèbre expédition El Dorado dirigée par le Capitaine Pedro d'Ursúa fut organisée en 1559. Un de ses membres était le renommé Lope d'Aguirre, qui a osé défier la puissance espagnol en se proclamant lui même prince d'un royaume qui n'a jamais existé. L'expédition a abouti à un tourbillon de violence parmi ses participants qui étaient victimes de leurs ambitions, le pays, les fièvres tropicales et la chaleur tropicale. Cependant, il a vraiment établi un point de repère important pour les découvertes géographiques puisque les explorateurs ont traversé la rivière Marañón et ont inconsciemment pénétré dans l'Amazone, pour déboucher sur l’île Margarita sur le littoral Atlantique. Précédemment, en 1557, Orellana avait exploré la Rivière Napo en bas à l'Amazone avec plus de 60 expéditionnaires, aussi dans le but de découvrir le pays de la cannelle et de l’El Dorado. C'était un des voyages les plus fascinants et impressionnants pour la conquête géographique du Nouveau Monde. Toutes ces expéditions ont été suivies par des missions, principalement celles de Jésuites et Franciscains, qui ont fait des contributions notables pour les connaissances géographiques, ethnologiques, la flore et la faune.